Silaha Mpya ya Utambuzi wa Kifua Kikuu na Ugunduzi wa Upinzani wa Dawa: Mpangilio Unaolengwa wa Kizazi Kipya (tNGS) Pamoja na Kujifunza kwa Mashine kwa Utambuzi wa Unyeti wa Kifua Kikuu.
Ripoti ya fasihi: CCa: modeli ya uchunguzi kulingana na tNGS na kujifunza kwa mashine, ambayo inafaa kwa watu walio na kifua kikuu kidogo cha bakteria na meninjitisi ya kifua kikuu.
Kichwa cha nadharia: Mfuatano wa kizazi kijacho unaolengwa na Kifua kikuu na kujifunza kwa mashine: mkakati wa uchunguzi nyeti zaidi wa neli za paucific za mapafu na uti wa mgongo wa tubula.
Mara kwa mara: 《Clinica Chimica Acta》
IF:6.5
Tarehe ya kuchapishwa: Januari 2024
Kwa kuunganishwa na Chuo Kikuu cha Kichina cha Chuo cha Sayansi na Hospitali ya Kifua ya Beijing ya Chuo Kikuu cha Matibabu cha Capital, Macro & Micro-Test ilianzisha modeli ya utambuzi wa kifua kikuu kulingana na kizazi kipya cha teknolojia ya mlolongo unaolengwa (tNGS) na njia ya kujifunza mashine, ambayo ilitoa unyeti wa hali ya juu wa kugundua kifua kikuu na bakteria chache na meningitis ya kifua kikuu, ilitoa utambuzi mpya wa ugonjwa wa kifua kikuu na utambuzi sahihi wa aina mbili za ugonjwa wa kifua kikuu. kugundua na matibabu ya kifua kikuu. Wakati huo huo, imebainika kuwa cfDNA ya plasma ya mgonjwa inaweza kutumika kama aina inayofaa ya sampuli kwa ajili ya sampuli za kimatibabu katika utambuzi wa TBM.
Katika utafiti huu, sampuli 227 za plasma na sampuli za maji ya cerebrospinal zilitumiwa kuanzisha vikundi viwili vya kliniki, ambapo sampuli za uchunguzi wa maabara zilitumiwa kuanzisha mfano wa kujifunza kwa mashine ya uchunguzi wa kifua kikuu, na sampuli za uchunguzi wa kliniki zilitumiwa kuthibitisha mfano wa uchunguzi ulioanzishwa. Sampuli zote zililengwa kwa mara ya kwanza na bwawa la uchunguzi lililolengwa maalum kwa ajili ya kifua kikuu cha Mycobacterium. Kisha, kulingana na data ya mpangilio wa TB-tNGS, mtindo wa mti wa uamuzi hutumiwa kufanya uthibitishaji wa mara 5 kwenye seti za mafunzo na uthibitishaji wa foleni ya uchunguzi wa maabara, na vizingiti vya uchunguzi wa sampuli za plasma na sampuli za maji ya ubongo hupatikana. Kizingiti kilichopatikana kinaletwa katika seti mbili za majaribio ya foleni ya uchunguzi wa kimatibabu kwa ajili ya kugunduliwa, na utendaji wa uchunguzi wa mwanafunzi unatathminiwa na ROC curve. Hatimaye, mfano wa uchunguzi wa kifua kikuu ulipatikana.
Kielelezo 1 cha mchoro wa muundo wa utafiti
Matokeo: Kulingana na vizingiti mahususi vya sampuli ya DNA ya CSF (AUC = 0.974) na sampuli ya cfDNA ya plasma (AUC = 0.908) iliyobainishwa katika utafiti huu, kati ya sampuli 227, unyeti wa sampuli ya CSF ulikuwa 97.01%, umaalum ulikuwa 95.65%, na unyeti 8 na sampuli 61 zilikuwa% ya plasma. 86.36%. Katika uchanganuzi wa sampuli 44 zilizooanishwa za plasma cfDNA na DNA ya ugiligili wa ubongo kutoka kwa wagonjwa wa TBM, mkakati wa uchunguzi wa utafiti huu una uthabiti wa juu wa 90.91% (40/44) katika plasma cfDNA na DNA ya ugiligili wa ubongo, na unyeti ni 95.45% (42/44). Kwa watoto walio na kifua kikuu cha mapafu, mkakati wa uchunguzi wa utafiti huu ni nyeti zaidi kwa sampuli za plasma kuliko matokeo ya kugundua Xpert ya sampuli za juisi ya tumbo kutoka kwa wagonjwa sawa (28.57% VS 15.38%).
Mtini. 2 Uchambuzi wa utendaji wa modeli ya utambuzi wa kifua kikuu kwa sampuli za idadi ya watu
Mtini. 3 Matokeo ya uchunguzi wa sampuli zilizooanishwa
Hitimisho: Mbinu ya uchunguzi wa hypersensitive kwa kifua kikuu ilianzishwa katika utafiti huu, ambayo inaweza kutoa chombo cha uchunguzi na unyeti wa juu wa kugundua kwa wagonjwa wa kliniki wenye kifua kikuu cha oligobacillary (utamaduni hasi). Ugunduzi wa kifua kikuu cha hypersensitive kulingana na plasma cfDNA inaweza kuwa aina ya sampuli inayofaa kwa uchunguzi wa kifua kikuu hai na meninjitisi ya kifua kikuu (sampuli za plasma ni rahisi kukusanya kuliko maji ya cerebrospinal kwa wagonjwa wanaoshukiwa kuwa na kifua kikuu cha ubongo).
Kiungo asili: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/s0009898123004990? kupitia%3Dihub
Utangulizi mfupi wa bidhaa za kugundua kifua kikuu cha Macro & Micro-Test
Kwa kuzingatia hali ngumu ya sampuli ya wagonjwa wa kifua kikuu na mahitaji mbalimbali, Macro & Micro-Test hutoa seti kamili ya suluhu za NGS za uchimbaji wa kimiminika kutoka kwa sampuli za makohozi, ujenzi wa maktaba ya Qualcomm na mpangilio, na uchambuzi wa data. Bidhaa hizo hushughulikia utambuzi wa haraka wa wagonjwa wa kifua kikuu, ugunduzi wa upinzani wa dawa kwa kifua kikuu, uchapaji wa kifua kikuu cha mycobacterium na NTM, utambuzi wa hypersensitivity wa kifua kikuu kisicho na bakteria na watu wa kifua kikuu, n.k.
Vifaa vya kugundua ugonjwa wa kifua kikuu na mycobacteria:
| Kipengee Na | jina la bidhaa | maudhui ya kupima bidhaa | aina ya sampuli | mfano unaotumika |
| HWTS-3012 | Wakala wa kutoa sampuli | Imetumika katika matibabu ya umiminiko wa sampuli za makohozi, imepata nambari ya rekodi ya daraja la kwanza, Vifaa vya Mitambo ya Sutong 20230047. | makohozi | |
| HWTS-NGS-P00021 | Seti ya kutambua wingi wa Qualcomm kwa kifua kikuu chenye unyeti mkubwa (njia ya kukamata) | Ugunduzi wa unyeti usio na uvamizi (kioevu) kwa kifua kikuu cha mapafu kisicho na bakteria na vinundu vya ubongo; Sampuli za watu wanaoshukiwa kuambukizwa na mycobacteria ya kifua kikuu au zisizo za kifua kikuu zilichambuliwa na metagenomics za mpangilio wa kina, na habari ya kugundua ikiwa mycobacteria ya kifua kikuu au isiyo ya kifua kikuu iliambukizwa na habari kuu ya mstari wa kwanza wa kupinga dawa ya kifua kikuu cha mycobacterium ilitolewa. | Damu ya pembeni, kiowevu cha lavage ya tundu la mapafu, hydrothorax na ascites, sampuli ya kuchomwa kwa umakini, ugiligili wa ubongo. | Kizazi cha pili |
| HWTS-NGS-T001 | Uchapaji wa Mycobacterium na kifaa cha kugundua ukinzani wa dawa (njia ya upangaji wa upanuzi wa aina nyingi) | Jaribio la kuandika la Mycobacterium, ikijumuisha MTBC na 187 NTM;Ugunduzi wa ukinzani wa dawa wa kifua kikuu cha Mycobacterium hujumuisha dawa 13 na maeneo 16 ya mabadiliko ya msingi ya jeni sugu ya dawa. | Makohozi, maji ya kuosha tundu la mapafu, hydrothorax na ascites, sampuli ya kuchomwa kwa umakini, ugiligili wa ubongo. | Kizazi cha pili/ cha tatu jukwaa mbili |
Muhimu: HWTS-NGS-T001 Mycobacterium chapa na kifaa cha kugundua ukinzani wa dawa (mbinu ya upanuzi nyingi)
Utangulizi wa bidhaa
Bidhaa hiyo inategemea dawa kuu za mstari wa kwanza na wa pili zilizoelezewa katika miongozo ya matibabu ya TB ya WHO, macrolides na aminoglycosides zinazotumiwa sana katika miongozo ya matibabu ya NTM, na maeneo ya upinzani dhidi ya madawa yanashughulikia kundi moja la maeneo yanayohusiana na upinzani wa dawa katika orodha ya mabadiliko changamano ya kifua kikuu ya Mycobacterium ya WHO, pamoja na jeni zingine zilizoripotiwa za upinzani wa dawa na tovuti za mabadiliko ya ng'ambo kulingana na fasihi ya juu ya upinzani wa dawa na tovuti za uchunguzi wa ng'ambo.
Utambulisho wa kuandika unatokana na aina za NTM zilizofupishwa katika miongozo ya NTM iliyochapishwa na Jarida la Kichina la Kifua Kikuu na Magonjwa ya Kupumua na makubaliano ya wataalam. Vielelezo vya uandishi vilivyoundwa vinaweza kukuza, kupanga na kufafanua zaidi ya spishi 190 za NTM.
Kupitia teknolojia ya ukuzaji ya PCR inayolengwa, jeni za uchapaji genotype na jeni sugu za Mycobacterium zilikuzwa na multiplex PCR, na mchanganyiko wa amplicon wa jeni lengwa kugunduliwa. Bidhaa zilizoimarishwa zinaweza kujengwa katika maktaba za kizazi cha pili au cha tatu za mpangilio wa matokeo ya juu, na majukwaa yote ya mfuatano ya kizazi cha pili na cha tatu yanaweza kuwekewa mfuatano wa kina ili kupata taarifa ya mfuatano wa jeni lengwa. Kwa kulinganisha na mabadiliko yanayojulikana yaliyo katika hifadhidata ya marejeleo iliyojengewa ndani (ikiwa ni pamoja na orodha ya mabadiliko changamano ya WHO Mycobacterium kifua kikuu na uhusiano wake na ukinzani wa dawa), mabadiliko yanayohusiana na ukinzani wa dawa au uwezekano wa dawa za kupambana na kifua kikuu yalibainishwa. Kwa kuchanganya na suluhu ya matibabu ya sampuli ya makohozi iliyojifungua yenyewe ya Macro & Micro-Test, tatizo la ufanisi mdogo wa upanuzi wa asidi ya nucleic ya sampuli za kliniki za sputum (mara kumi zaidi kuliko ile ya mbinu za jadi) ilitatuliwa, ili ugunduzi wa mpangilio wa kupinga dawa utumike moja kwa moja kwenye sampuli za kliniki za sputum.
Aina ya utambuzi wa bidhaa
34jeni zinazohusiana na upinzani wa dawa za18dawa za kuzuia kifua kikuu na6Dawa za NTM ziligunduliwa, kufunika297maeneo ya upinzani wa dawa; Aina kumi za kifua kikuu cha Mycobacterium na zaidi ya190aina za NTM ziligunduliwa.
Jedwali 1: Taarifa ya 18+6 Madawa ya kulevya +190+NTM
Faida ya bidhaa
Uwezo thabiti wa kimatibabu: sampuli za makohozi zinaweza kugunduliwa moja kwa moja na wakala wa kujisafisha bila utamaduni.
Uendeshaji wa majaribio ni rahisi: mzunguko wa kwanza wa operesheni ya amplification ni rahisi, na ujenzi wa maktaba umekamilika kwa saa 3, ambayo inaboresha ufanisi wa kazi.
Uchapaji wa kina na upinzani wa dawa: kufunika maeneo ya uchapaji na ukinzani wa dawa ya MTB na NTM, ambayo ni hoja muhimu za kiafya, uchapaji sahihi na ugunduzi wa ukinzani wa dawa, kusaidia programu huru ya uchanganuzi, na kutoa ripoti za uchanganuzi kwa mbofyo mmoja.
Utangamano: uoanifu wa bidhaa, kubadilika kwa majukwaa ya kawaida ya ILM na MGI/ONT.
Vipimo vya bidhaa
| Msimbo wa bidhaa | jina la bidhaa | Jukwaa la utambuzi | vipimo |
| HWTS-NGS-T001 | Uchapaji wa Mycobacterium na kifaa cha kugundua ukinzani wa dawa (njia ya ukuzaji wa aina nyingi) | ONT, Illumina, MGI, Salus pro | 16/96rxn |
Muda wa kutuma: Jan-23-2024