Silaha Mpya ya Utambuzi wa Kifua Kikuu na Ugunduzi wa Upinzani wa Dawa: Mpangilio Unaolengwa wa Kizazi Kipya (tNGS) Pamoja na Kujifunza kwa Mashine kwa Utambuzi wa Unyeti wa Kifua Kikuu.
Ripoti ya fasihi: CCa: modeli ya uchunguzi kulingana na tNGS na kujifunza kwa mashine, ambayo inafaa kwa watu walio na kifua kikuu kidogo cha bakteria na meninjitisi ya kifua kikuu.
Kichwa cha nadharia: Mfuatano wa kizazi kijacho unaolengwa na Kifua kikuu na kujifunza kwa mashine: mkakati wa uchunguzi nyeti zaidi wa neli za paucific za mapafu na uti wa mgongo wa tubula.
Mara kwa mara: 《Clinica Chimica Acta》
IF:6.5
Tarehe ya kuchapishwa: Januari 2024
Kwa kuunganishwa na Chuo Kikuu cha Chuo cha Sayansi cha Kichina na Hospitali ya Chest ya Beijing ya Chuo Kikuu cha Capital Medical, Macro & Micro-Test ilianzisha modeli ya utambuzi wa kifua kikuu kulingana na kizazi kipya cha teknolojia ya mfuatano lengwa (tNGS) na njia ya kujifunza mashine, ambayo ilitoa kiwango cha juu zaidi. kugundua unyeti wa kifua kikuu chenye bakteria chache na uti wa mgongo wa kifua kikuu, ilitoa mbinu mpya ya utambuzi wa unyeti kwa ajili ya utambuzi wa kimatibabu wa aina mbili za kifua kikuu, na kusaidia utambuzi sahihi, kugundua ukinzani wa dawa na matibabu ya kifua kikuu.Wakati huo huo, imebainika kuwa cfDNA ya plasma ya mgonjwa inaweza kutumika kama aina inayofaa ya sampuli kwa ajili ya sampuli za kimatibabu katika utambuzi wa TBM.
Katika utafiti huu, sampuli 227 za plasma na sampuli za maji ya uti wa mgongo zilitumika kuanzisha vikundi viwili vya kliniki, ambapo sampuli za kikundi cha uchunguzi wa maabara zilitumiwa kuanzisha modeli ya kujifunza kwa mashine ya utambuzi wa kifua kikuu, na sampuli za kikundi cha uchunguzi wa kliniki zilitumika kuthibitisha utambuzi ulioanzishwa. mfano wa uchunguzi.Sampuli zote zililengwa kwa mara ya kwanza na bwawa la uchunguzi lililolengwa maalum kwa ajili ya kifua kikuu cha Mycobacterium.Kisha, kulingana na data ya mpangilio wa TB-tNGS, mtindo wa mti wa uamuzi hutumiwa kufanya uthibitishaji wa mara 5 kwenye seti za mafunzo na uthibitishaji wa foleni ya uchunguzi wa maabara, na vizingiti vya uchunguzi wa sampuli za plasma na sampuli za maji ya ubongo hupatikana.Kizingiti kilichopatikana kinaletwa katika seti mbili za majaribio ya foleni ya uchunguzi wa kimatibabu kwa ajili ya kugunduliwa, na utendaji wa uchunguzi wa mwanafunzi unatathminiwa na ROC curve.Hatimaye, mfano wa uchunguzi wa kifua kikuu ulipatikana.
Kielelezo 1 cha mchoro wa muundo wa utafiti
Matokeo: Kulingana na vizingiti maalum vya sampuli ya DNA ya CSF (AUC = 0.974) na sampuli ya cfDNA ya plasma (AUC = 0.908) iliyoamuliwa katika utafiti huu, kati ya sampuli 227, unyeti wa sampuli ya CSF ulikuwa 97.01%, umaalum ulikuwa 95.65%, na unyeti na umaalum wa sampuli ya plasma ulikuwa 82.61% na 86.36%.Katika uchanganuzi wa sampuli 44 zilizooanishwa za plasma cfDNA na DNA ya ugiligili wa ubongo kutoka kwa wagonjwa wa TBM, mkakati wa uchunguzi wa utafiti huu una uthabiti wa juu wa 90.91% (40/44) katika cfDNA ya plasma na DNA ya ugiligili wa ubongo, na unyeti ni 95.45%. (42/44).Kwa watoto walio na kifua kikuu cha mapafu, mkakati wa uchunguzi wa utafiti huu ni nyeti zaidi kwa sampuli za plasma kuliko matokeo ya kugundua Xpert ya sampuli za juisi ya tumbo kutoka kwa wagonjwa sawa (28.57% VS 15.38%).
Mtini. 2 Uchambuzi wa utendaji wa modeli ya utambuzi wa kifua kikuu kwa sampuli za idadi ya watu
Mtini. 3 Matokeo ya uchunguzi wa sampuli zilizooanishwa
Hitimisho: Mbinu ya uchunguzi wa hypersensitive kwa kifua kikuu ilianzishwa katika utafiti huu, ambayo inaweza kutoa chombo cha uchunguzi na unyeti wa juu wa kugundua kwa wagonjwa wa kliniki wenye kifua kikuu cha oligobacillary (utamaduni hasi).Ugunduzi wa kifua kikuu cha hypersensitive kulingana na cfDNA ya plasma inaweza kuwa aina ya sampuli inayofaa kwa utambuzi wa kifua kikuu hai na meninjitisi ya kifua kikuu (sampuli za plasma ni rahisi kukusanya kuliko ugiligili wa ubongo kwa wagonjwa wanaoshukiwa kuwa na kifua kikuu cha ubongo).
Kiungo asili: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/s0009898123004990?kupitia%3Dihub
Utangulizi mfupi wa bidhaa za kugundua kifua kikuu cha Macro & Micro-Test
Kwa kuzingatia hali ngumu ya sampuli ya wagonjwa wa kifua kikuu na mahitaji mbalimbali, Macro & Micro-Test hutoa seti kamili ya suluhu za NGS za uchimbaji wa kimiminika kutoka kwa sampuli za makohozi, ujenzi na mpangilio wa maktaba ya Qualcomm, na uchambuzi wa data.Bidhaa hizo hushughulikia utambuzi wa haraka wa wagonjwa wa kifua kikuu, ugunduzi wa upinzani wa dawa kwa kifua kikuu, uchapaji wa kifua kikuu cha mycobacterium na NTM, utambuzi wa hypersensitivity wa kifua kikuu kisicho na bakteria na watu wa kifua kikuu, n.k.
Vifaa vya kugundua ugonjwa wa kifua kikuu na mycobacteria:
| Kipengee Na | Jina la bidhaa | maudhui ya kupima bidhaa | aina ya sampuli | mfano unaotumika |
| HWTS-3012 | Wakala wa kutoa sampuli | Imetumika katika matibabu ya umiminiko wa sampuli za makohozi, imepata nambari ya rekodi ya daraja la kwanza, Vifaa vya Mitambo ya Sutong 20230047. | makohozi | |
| HWTS-NGS-P00021 | Seti ya kutambua wingi wa Qualcomm kwa kifua kikuu chenye unyeti mkubwa (njia ya kukamata) | Ugunduzi usio na uvamizi (kioevu biopsy) hypersensitivity kwa kifua kikuu cha mapafu cha bakteria-hasi na vinundu vya ubongo;Sampuli za watu wanaoshukiwa kuambukizwa na mycobacteria ya kifua kikuu au isiyo ya kifua kikuu zilichambuliwa na metagenomics ya kina ya mpangilio, na habari ya kugundua ikiwa mycobacteria ya kifua kikuu au isiyo ya kifua kikuu iliambukizwa na habari kuu ya safu ya kwanza ya upinzani wa dawa ya kifua kikuu cha mycobacterium. zilitolewa. | Damu ya pembeni, kiowevu cha lavage ya tundu la mapafu, hydrothorax na ascites, sampuli ya kuchomwa kwa umakini, ugiligili wa ubongo. | Kizazi cha pili |
| HWTS-NGS-T001 | Uchapaji wa Mycobacterium na kifaa cha kugundua ukinzani wa dawa (njia ya upangaji wa upanuzi wa aina nyingi) | Jaribio la kuandika la Mycobacterium, ikijumuisha MTBC na 187 NTM;Ugunduzi wa ukinzani wa dawa wa kifua kikuu cha Mycobacterium hujumuisha dawa 13 na maeneo 16 ya mabadiliko ya msingi ya jeni sugu ya dawa. | Makohozi, maji ya kuosha tundu la mapafu, hydrothorax na ascites, sampuli ya kuchomwa kwa umakini, ugiligili wa ubongo. | Kizazi cha pili/ cha tatu jukwaa mbili |
Muhimu: HWTS-NGS-T001 Mycobacterium chapa na kifaa cha kugundua ukinzani wa dawa (mbinu ya upanuzi nyingi)
Utangulizi wa bidhaa
Bidhaa hiyo inategemea dawa kuu za mstari wa kwanza na wa pili zilizoelezewa katika miongozo ya matibabu ya TB ya WHO, macrolides na aminoglycosides zinazotumiwa sana katika miongozo ya matibabu ya NTM, na maeneo ya upinzani dhidi ya madawa yanajumuisha kundi moja la maeneo yanayohusiana na upinzani wa madawa ya kulevya. Orodha ya mabadiliko changamano ya WHO ya Mycobacterium tuberculosis, pamoja na jeni zingine zinazokinza dawa na tovuti za mabadiliko kulingana na uchunguzi na takwimu za fasihi zenye alama nyingi nyumbani na nje ya nchi.
Utambulisho wa kuandika unatokana na aina za NTM zilizofupishwa katika miongozo ya NTM iliyochapishwa na Jarida la Kichina la Kifua Kikuu na Magonjwa ya Kupumua na makubaliano ya wataalam.Vielelezo vya uandishi vilivyoundwa vinaweza kukuza, kupanga na kufafanua zaidi ya spishi 190 za NTM.
Kupitia teknolojia ya ukuzaji ya PCR inayolengwa, jeni za uchapaji genotype na jeni sugu za Mycobacterium zilikuzwa na multiplex PCR, na mchanganyiko wa amplicon wa jeni lengwa kugunduliwa.Bidhaa zilizoimarishwa zinaweza kujengwa katika maktaba za kizazi cha pili au cha tatu za mpangilio wa matokeo ya juu, na majukwaa yote ya mfuatano ya kizazi cha pili na cha tatu yanaweza kuwekewa mfuatano wa kina ili kupata taarifa ya mfuatano wa jeni lengwa.Kwa kulinganisha na mabadiliko yanayojulikana yaliyo katika hifadhidata ya marejeleo iliyojengewa ndani (ikiwa ni pamoja na katalogi ya mabadiliko changamano ya WHO Mycobacterium kifua kikuu na uhusiano wake na ukinzani wa dawa), mabadiliko yanayohusiana na ukinzani wa dawa au uwezekano wa dawa za kupambana na kifua kikuu yalibainishwa.Kwa kuchanganya na sampuli ya matibabu ya sampuli ya makohozi iliyojifungua yenyewe ya Macro & Micro-Test, tatizo la ufanisi mdogo wa upanuzi wa asidi ya nukleiki ya sampuli za kliniki za sputum (mara kumi zaidi ya ile ya mbinu za jadi) ilitatuliwa, ili ugunduzi wa mpangilio wa kupinga dawa uweze kutatuliwa. kutumika moja kwa moja kwa sampuli za sputum za kliniki.
Aina ya utambuzi wa bidhaa
34jeni zinazohusiana na upinzani wa dawa za18dawa za kuzuia kifua kikuu na6Dawa za NTM ziligunduliwa, kufunika297maeneo ya upinzani wa dawa;Aina kumi za kifua kikuu cha Mycobacterium na zaidi ya190aina za NTM ziligunduliwa.
Jedwali 1: Taarifa ya 18+6 Madawa ya kulevya +190+NTM
Faida ya bidhaa
Uwezo thabiti wa kimatibabu: sampuli za makohozi zinaweza kugunduliwa moja kwa moja na wakala wa kujisafisha bila utamaduni.
Uendeshaji wa majaribio ni rahisi: mzunguko wa kwanza wa operesheni ya amplification ni rahisi, na ujenzi wa maktaba umekamilika kwa saa 3, ambayo inaboresha ufanisi wa kazi.
Uchapaji wa kina na upinzani wa dawa: kufunika maeneo ya uchapaji na ukinzani wa dawa ya MTB na NTM, ambayo ni hoja muhimu za kiafya, uchapaji sahihi na ugunduzi wa ukinzani wa dawa, kusaidia programu huru ya uchanganuzi, na kutoa ripoti za uchanganuzi kwa mbofyo mmoja.
Utangamano: uoanifu wa bidhaa, kubadilika kwa majukwaa ya kawaida ya ILM na MGI/ONT.
Vipimo vya bidhaa
| Kanuni bidhaa | Jina la bidhaa | Jukwaa la utambuzi | vipimo |
| HWTS-NGS-T001 | Uchapaji wa Mycobacterium na kifaa cha kugundua ukinzani wa dawa (njia ya ukuzaji wa aina nyingi) | ONT, Illumina, MGI, Salus pro | 16/96rxn |
Muda wa kutuma: Jan-23-2024